Επιχειρησιακός στόχος της Διεύθυνσης είναι η εποπτεία και η εύρυθμη λειτουργία των σχολικών μονάδων της αρμοδιότητάς της και των υποστηρικτικών αποκεντρωμένων δομών της πρωτοβάθμιας εκπαίδευσης του Υπουργείου.